C'est un programme européen de conservation des espaces naturels dans lequel ce sont engagés les Etats Membres dont la France, et qui se réfèrent à deux Directives Européennes, les directives "Habitat" (directive 92/43 du 21 Mai 1992) et "Oiseaux" (directive 79/409 du 02 avril 1979). Ces deux directives répondent aux objectifs fixés par la convention sur la biodiversité adoptée lors du Sommet de la Terre du Rio, ratifiée par la France en 1996.

Un organisme opérateur est désigné sur chaque site Natura 2000. Il est chargé d'assurer la concertation et de rédiger le Document d'Objectifs qui précise les modalités pratiques de gestion du site.

La rédaction du Document d'Objectifs associe les acteurs concernés par le site : Habitants, usagers, élus, professionnels, experts scientifiques, administrations. Elle se déroule en trois étapes :

- établir un diagnostic : il s'agit de caractériser et de cartographier les habitats naturels et les espèces, analyser le contexte socio-économique local ;

- définir les enjeux et les objectifs : il s'agit de préciser les conditions nécessaires à la conservation, voire à la restauration des habitats et des espèces et de définir les axes possibles et souhaitables d'intervention ;

- élaborer un plan d'actions : il suppose de traduire de façon opérationnelle les objectifs définis préalablement. Les actions doivent être programmées et chiffrées, les modalités de leur financement doivent être prévues. Une évaluation des actions mises en œuvre doit être réalisée au bout de six ans.

Pour l'application du Document d'Objectifs, les titulaires de droits réels et personnels portant sur les terrains inclus dans le site peuvent conclure avec l'Etat un "contrat Natura 2000" (article L414-3 du Code Rural). Le contrat Natura 2000 comporte un ensemble d'engagements conformes aux orientations définies dans le Document d'Objectifs. Il définit les prestations devant être fournies par le bénéficiaire du contrat et les modalités des aides financières attribuées en contrepartie.

Lorsqu'il s'agit d'un exploitant agricole, il est prévu le contrat Natura 2000 prend la forme de mesures Agri-environnementales intégrées à la CAD (Contrat d'Agriculture Durable).

Près de 5,5 % de la surface terrestre sont concernés par le zonage Natura 2000, soit près de 33 0000 hectares. Il faut ajouter près de 43 000 hectares sur le domaine maritime. Les 13 sites Natura 2000 sont répartis sur 220 communes :

- Landes du Tertre Bizet et Fosse-Arthour
- Baie du Mont Saint Michel
- Les Iles Chausey
- Littoral Ouest du Cotentin de Bréhal à Pirou
- Havre et landes de Lessay
- Littoral Ouest du Cotentin de St Germain sur Ay au Rozel
- Massif dunaire de Héauville à Vauville
- Côtes et landes de la Hague
- Caps et marées arrière-littoraux de Barfleur au Cap Lévi
- Tatihou
– St Vaast La Hougue
- Marais du Cotentin et du Bessin
- Baie des Veys
- Vallée de la Sée
- Bassin de l'Airou

Sur les sites où la démarche est engagée et sur lesquels des enjeux agricoles sont identifiés, la Chambre d'Agriculture intervient à plusieurs titres :

- réalisation des diagnostics agricoles (Vallée de la Sée)
- participation des élus et des techniciens aux Comités de Pilotage et groupes de travail mis en place sur les sites
- contribution à l'élaboration des cahiers des charges des mesures de gestion en secteur agricole (principalement sur les sites Havre et Landes de Lessay, Vallée de la Sée, Bassin de l'Airou, PNR des Marais du Cotentin et du Bessin)
- mise en œuvre de la concertation locale et rédaction du Document d'Objectifs (rôle d'opérateur) sur les sites de la Vallée de la Sée et la Bassin de l'Airou par Manche Développement (organisme interconsulaire regroupant les Chambres de Commerce et d'Industrie, des Métiers, d'Agriculture).